Visi MA MUHAMMADIYAH 3 JETIS yang disusun mengacu pada tujuan pendidikan menengah dan berorientasi pada potensi, minat, perkembangan, kebutuhan dan kepentingan peserta didik yaitu membentuk peserta didik yang berakhlaqul karimah, menanamkan keimanan, ketaqwaan, menghasilkan tamatan yang memiliki karakter, kecakapan dan ketrampilan yang kuat untuk digunakan dalam mengadakan hubungan timbal balik dengan lingkungan sosial, budaya dan alam sekitar serta mengembangkan kemampuan lebih lanjut di Perguruan Tinggi.
Visi MA MUHAMMADIYAH 3 JETIS yang disusun juga berorientasi pada kepentingan daerah dan nasional serta berorientasi pada perkembangan ilmu pengetahuan, Teknologi dan seni serta memperhatikan lingkungan sosial, dalam rangka menumbuhkan peduli lingkungan, menjalin kerja sama dengan warga madrasah dan lembaga lain. Selain itu Visi MA Muhammadiyah 3 Jetis juga memberi inspirasi dan tantangan dalam meningkatkan kualitas proses dan hasil pendidikan.
Sejalan dengan uraian yang tersebut di atas, maka Visi MA Muhammdiyah 3 Jetis adalah sebagai berikut:
Terbentuknya Pelajar Muslim yang "Berakhlaqul Kharimah, Unggul dalam prestasi, cakap, mandiri, dan Religius"
Dengan berpedoman pada Visi dan Misi, Madrasah Aliyah Muhammadiyah 3 Jetis Ponorogo telah merumuskan beberapa tujuan antara lain: